1.管理范围和组织结构不同:中国首席财务官协会是隶属于财政部的全国性非营利性一级社会组织。中国注册会计师协会是根据《中华人民共和国注册会计师法》和《社会团体登记管理条例》的有关规定设立的社会团体法人，是中国注册会计师行业的自律管理组织；

2.不同主要职责:中国财务总监协会的主要职责是组织总会计师、履行总会计师和高级会计师职责的会计师的在职培训和继续教育，接受财政部和有关部门的授权和委托，组织相关工作。中国注册会计师协会的主要职责是起草注册会计师执业标准和规则，监督检查其执行情况，制定行业自律管理规范，对违反相关法律法规和行业管理规范的会员进行处罚，组织实施注册会计师全国统一考试。