男子5000米国家二级运动员的标准时间是16分10秒。

根据2010年3月1日起实施的《运动员技术等级标准》中各级男子5000米运动员的标准:

1.国际运动员是13分31秒45。

2.最好的运动员是4分10秒。

3.一级运动员14分40秒。

4.二级运动员是16分10秒。

5.三级运动员是17分40秒。

国家二级运动员在比赛中取得一定成绩时可以申报。《中华人民共和国体育法》第三十条:国家实行运动员、裁判员、教练员技术等级制度。